おむつで採便しても問題ないでしょうか？

問題ございません。
おむつの場合は、おむつをぬぐって採便を行ってください。

また必ず排便直後（5分以内）の便を採取してください。
排便後時間が経つと、菌の構成が変わり、検査結果に影響を及ぼす可能性がございます。